Отец — Гундяев Михаил Васильевич, священник, скончался в 1974 г. Мать — Гундяева Раиса Владимировна, преподаватель немецкого языка в школе, в последние годы домохозяйка, скончалась в 1984 г. Старший брат — протоиерей Николай Гундяев, профессор Санкт-Петербургской духовной академии, почетный настоятель Преображенского собора в г. Санкт-Петербурге. Дед — иерей Василий Степанович Гундяев, узник Соловков, за церковную деятельность и борьбу с обновленчеством в 20-х, 30-х и 40-х гг. ХХ в. подвергавшийся тюремным заключениям и ссылкам.
По окончании 8-го класса средней школы Владимир Гундяев поступил на работу в Ленинградскую комплексную геологическую экспедицию Северо-Западного геологического управления, где и проработал с 1962 по 1965 год в качестве техника-картографа, совмещая работу с обучением в средней школе.
После окончания средней школы в 1965 г. поступил в Ленинградскую духовную семинарию, а затем в Ленинградскую духовную академию, которую закончил с отличием в 1970 г.
3 апреля 1969 г. митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) пострижен в монашество с наречением имени Кирилл. 7 апреля им же рукоположен во иеродиакона, 1 июня того же года — во иеромонаха.